Para hacer la configuración de la retenciones solo debes ir a la opción Administrador > Parametrizar cuentas
ahí buscas la pestaña que dice retención.
luego vas a configurar la retención deseada para que tenga el porcentaje correcto y sea contabilizada según lo que usted desea, luego de configurar aplastas en guardar y listo la configuración de la retención quedaría guardada.